共有名義の不動産を所有しているものの、「自分の共有持分だけを売却したい」「共有者との関係を整理したい」と考える方は少なくありません。

しかし、共有持分を売却する際には、譲渡所得税をはじめとする税金が発生する可能性があります。また、税額は売却価格だけで決まるわけではなく、取得費や所有期間、利用できる特例などによって大きく変わります。

さらに、共有持分は通常の不動産売却とは異なり、共有名義ならではの権利関係や手続きも考慮しなければなりません。税金の仕組みを十分に理解しないまま売却を進めると、思わぬ税負担が生じたり、利用できる控除を受けられなかったりすることもあります。

そこで本コラムでは、共有持分の売却でかかる税金の種類から譲渡所得の計算方法、3,000万円特別控除などの特例、確定申告の流れまでわかりやすく解説します。

まずは、「共有持分を売却すると、そもそも税金はかかるのか」という基本から見ていきましょう。

共有持分を売却したら税金はかかる？

共有持分を売却すると、「売却したら必ず税金を支払う」と思われがちですが、実際にはそうではありません。税金が発生するかどうかは、売却によって利益（譲渡所得）が出たかどうかによって決まります。

まずは、どのような場合に税金がかかるのかを理解しておきましょう。

 

◼︎売却して利益が出た場合は譲渡所得税がかかる

共有持分を売却した際、購入したときより高い価格で売却できるなどして利益が出た場合は、その利益に対して譲渡所得税が課税されます。ここでいう譲渡所得税とは、次の3つをまとめたものです。

つまり、売却価格そのものではなく、「利益」に対して税金がかかるという点が重要です。

例えば、2,000万円で売却したとしても、取得費や売却にかかった費用を差し引いた結果、利益が出なければ譲渡所得税は原則として発生しません。

 

◼︎共有持分だけを売却した場合も課税対象になる

「不動産全体を売却するわけではないから税金はかからないのでは？」と思われる方もいます。しかし、共有持分は法律上も財産として認められているため、共有持分のみを売却した場合でも、譲渡所得が発生すれば課税対象です。

例えば、兄弟3人で相続した土地があり、そのうち一人だけが自分の持分を売却した場合でも、その人には譲渡所得税がかかる可能性があります。共有不動産全体を売却する場合と、共有持分のみを売却する場合では売却方法は異なりますが、税金の基本的な考え方は同じです。

◼︎利益がなくても発生する税金や費用もある

譲渡所得税は利益が出た場合のみですが、売却時には利益の有無に関係なく必要になる税金や費用もあります。

主なものは次のとおりです。

これらの費用は譲渡所得税とは性質が異なりますが、譲渡所得の計算で差し引けるものもあります。

では、共有持分を売却した場合には、具体的にどのような税金が関係するのでしょうか。

共有持分の売却でかかる税金の種類

共有持分を売却すると、ケースによって複数の税金が関係します。まずは全体像を把握しておくことで、その後の譲渡所得の計算も理解しやすくなります。

◼︎共有持分売却で関係する税金一覧

税金	かかるケース	ポイント
譲渡所得税（所得税・住民税・復興特別所得税）	売却益が出た場合	最も大きな税負担となる
印紙税	売買契約書を作成する場合	契約金額によって税額が変わる
登録免許税	抵当権抹消登記などを行う場合	土地・建物ごとに課税される
消費税	個人の土地・建物売却は原則不要	仲介手数料などには課税される

この中でも、売却時の税負担に最も大きく影響するのが「譲渡所得税」です。

そのため、まずは譲渡所得税について詳しく理解しておきましょう。

譲渡所得税

譲渡所得税とは、不動産を売却して得た利益に対して課税される税金です。

実際には、

の3つをまとめて「譲渡所得税」と呼ぶことが一般的です。

なお、税率は一律ではなく、不動産の所有期間によって変わります。この所有期間については後ほど詳しく解説します。

印紙税

印紙税は、不動産売買契約書を作成する際に必要となる税金です。契約金額によって税額が決められており、契約書に収入印紙を貼付して納税します。

譲渡所得税ほど大きな負担ではありませんが、売却時には必要になる費用の一つです。

登録免許税

住宅ローンが残っている不動産では、売却前に抵当権抹消登記を行う必要があります。この際に発生するのが登録免許税です。

一般的には土地・建物それぞれについて課税されますが、税額自体は大きくありません。

消費税

「不動産を売却すると消費税がかかるのでは？」と疑問に思う方もいますが、個人が所有する土地や建物の売却には、原則として消費税は課税されません。

ただし、

• 仲介手数料
• 司法書士報酬
• 測量費

などのサービスには消費税がかかります。

そのため、「売却価格にはかからないが、諸費用にはかかる」と覚えておくとよいでしょう。

共有持分売却の税金はどう計算する？

ここまでで、共有持分の売却では主に譲渡所得税が関係することを説明しました。では、その譲渡所得税はどのように計算されるのでしょうか。実は税額を左右するのは、「売却価格」ではなく譲渡所得です。

共有持分を売却した際の税金は、売却価格だけで決まるわけではありません。実際には、「いくらで売れたか」だけでなく、「いくらで取得したのか」「売却のためにどのくらい費用がかかったのか」などを踏まえて譲渡所得を算出し、その金額に税率を掛けて税額を計算します。

ここでは、譲渡所得の計算方法と、税額に影響するポイントを順番に見ていきましょう。

◼︎譲渡所得は「売却価格－取得費－譲渡費用」で計算する

譲渡所得は、次の計算式で求めます。

つまり、売却価格が高くても、取得費や譲渡費用が多ければ課税対象となる利益は少なくなります。反対に、取得費が分からない場合などは譲渡所得が大きくなり、税負担が増えることもあります。

取得費とは

「取得費」とは、共有持分を取得するためにかかった費用です。購入した不動産であれば、購入価格だけではなく、取得時に支払った諸費用も含めることができます。

代表的な取得費は次のとおりです。

なお、建物については経年劣化による価値の減少（減価償却）を考慮して取得費を計算します。そのため、土地と建物では取得費の考え方が異なる点に注意が必要です。

 

◼︎取得費が分からない場合は「概算取得費」を利用する

相続した土地や、何十年も前に購入した不動産では、売買契約書が見つからず取得費が分からないこともあります。その場合は、概算取得費として売却価格の5％を取得費とすることが認められています。

例えば、

• 売却価格：2,000万円

で取得費が不明な場合は、

を取得費として計算できます。

ただし、実際の取得費がもっと高かった場合でも5％しか差し引けないため、譲渡所得が大きくなり、税額が高くなるケースが少なくありません。

譲渡費用とは

「譲渡費用」とは、共有持分を売却するために直接かかった費用のことです。取得費と混同しやすい項目ですが、「売却時に必要となった費用」が対象になります。

譲渡費用になるもの	譲渡費用にならないもの
仲介手数料	引っ越し費用
売買契約書の印紙税	住宅ローン返済費用
測量費	固定資産税
建物解体費	修繕費（通常の維持管理）
立退料（一定の場合）	売却後の新居購入費用

「売却のために直接必要だったかどうか」が判断基準となるため、すべての支出を譲渡費用にできるわけではありません。

 

◼︎共有持分は持分割合に応じて計算する

共有名義の不動産では、不動産全体ではなく自分の共有持分について譲渡所得を計算します。

例えば、

• 不動産全体の売却価格：4,000万円
• 持分割合：2分の1

の場合、自分の売却価格は2,000万円となります。

取得費や譲渡費用についても、自分の持分に対応する金額で計算するのが基本です。共有者全員で税額を計算するのではなく、それぞれが個別に譲渡所得を算出し、税金を負担します。

税率はどう決まるか

譲渡所得が計算できたら、次に確認したいのが「税率」です。実は、同じ600万円の譲渡所得でも、不動産を所有していた期間によって税額は大きく変わります。

ここでは、長期譲渡所得と短期譲渡所得の違いについて見ていきましょう。

 

◼︎所有期間は「売却した年の1月1日時点」で判定する

所有期間は、売却日を基準にするのではなく、売却した年の1月1日時点で判定されます。例えば、2026年10月に売却した場合は、2026年1月1日時点で所有期間が5年を超えているかどうかで判断されます。

「購入から5年以上経っている」と思っていても、判定時期によっては短期譲渡所得となることがあるため、売却時期には注意が必要です。

 

◼︎長期譲渡所得と短期譲渡所得の税率

所有期間による税率の違いをまとめると、次のようになります。

区分	所有期間	税率（所得税・復興特別所得税・住民税）
短期譲渡所得	5年以下	39.63％
長期譲渡所得	5年超	20.315％

※復興特別所得税を含みます。

短期譲渡所得は長期譲渡所得の約2倍の税率となるため、売却するタイミングによって納税額が大きく変わることがあります。

 

◼︎相続した共有持分は所有期間を引き継ぐ

共有持分を相続した場合は、自分が取得した日ではなく、被相続人（亡くなった方）の所有期間を引き継ぐのが原則です。例えば、親が20年間所有していた土地を相続し、その直後に売却した場合でも、所有期間は20年として扱われるため、長期譲渡所得になる可能性があります。

このように、所有期間の考え方は取得方法によって異なるため、事前に確認しておくことが大切です。

税金を軽減できる特例・控除

ここまで、共有持分を売却した際の税金の計算方法や税率について解説しました。しかし、実際の税額は計算結果だけで決まるわけではありません。一定の条件を満たせば、譲渡所得を減らせる特例や控除を利用できる可能性があります。制度を知らずに売却すると、本来受けられるはずの税制優遇を利用できず、税負担が大きくなることもあるため注意が必要です。

ここでは、共有持分の売却で知っておきたい代表的な特例を紹介します。

マイホームなら3,000万円特別控除が利用できる可能性がある

居住用財産（マイホーム）を売却した場合は、「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円特別控除」の適用を受けられる可能性があります。この特例を利用すると、譲渡所得から最高3,000万円まで控除できます。

例えば、譲渡所得が2,000万円だった場合は、3,000万円特別控除を適用することで課税対象額が0円となり、譲渡所得税が発生しないケースもあります。

そのため、マイホームの売却では非常に節税効果の高い制度といえます。

主な適用条件

3,000万円特別控除を利用するには、いくつかの要件を満たす必要があります。

なお、投資用不動産や賃貸物件には原則として適用されません。また、特例を利用する場合でも、確定申告は必須です。

共有名義でも一人ひとりが適用を判断される

共有名義の不動産では、「3,000万円の控除を共有者全員で分ける」と思われることがありますが、実際は異なります。

適用要件を満たしている共有者ごとに、それぞれ最高3,000万円まで控除を受けることが可能です。

例えば、夫婦が2分の1ずつ共有している自宅を売却する場合を見てみましょう。

このように、控除額を持分割合で分けるのではなく、それぞれが要件を満たしているかどうかで判断されます。ただし、夫婦のうち一方が居住用財産の要件を満たしていない場合などは、その方は特例を利用できません。

相続税額の取得費加算の特例が利用できる場合もある

相続した共有持分を売却する場合は、「取得費加算の特例」が利用できる可能性があります。

これは、相続税として支払った金額の一部を取得費へ加算できる制度です。

取得費が増えることで譲渡所得が小さくなり、結果として譲渡所得税を軽減できる可能性があります。

例えば、

• 相続税を支払っている
• 相続開始から一定期間内に売却している

などの要件を満たすことで適用できるケースがあります。

相続した不動産を売却する予定がある場合は、この特例が利用できるか事前に確認しておくとよいでしょう。

利用できる特例は不動産の状況によって異なる

そして共有持分の売却では、利用できる特例は不動産の用途や取得方法によって異なります。

次の表に代表例をまとめました。

ケース	利用できる可能性がある特例
マイホームを売却する	3,000万円特別控除
相続した不動産を売却する	取得費加算の特例など
投資用不動産を売却する	原則として3,000万円特別控除は対象外

「共有持分だから利用できない」「相続したから必ず利用できる」といった単純なものではなく、個々の事情によって適用可否が変わります。そのため、売却前に利用できる特例を確認することが重要です。

相続・贈与した共有持分を売却するときの注意点

共有持分は、購入だけでなく、相続や贈与によって取得するケースも少なくありません。取得方法によって、譲渡所得の計算方法や税金の考え方が異なるため、売却前に確認しておきましょう。

①相続した共有持分を売却する場合

相続した共有持分であっても、売却して利益が出れば譲渡所得税が発生します。

相続税を支払っている場合でも、売却時の譲渡所得税とは別の税金であるため、「相続税を払ったから譲渡所得税はかからない」というわけではありません。

また、譲渡所得を計算する際の取得費や所有期間は、被相続人（亡くなった方）のものを引き継ぐのが原則です。そのため、親が長年所有していた不動産を相続した場合は、長期譲渡所得として扱われるケースもあります。

②贈与された共有持分を売却する場合

親や親族から共有持分の贈与を受け、その後売却するケースもあります。贈与によって取得した共有持分も、原則として贈与者の取得費や所有期間を引き継ぐため、それらを基に譲渡所得を計算します。一方で、贈与時には贈与税が課税される場合があり、売却時には譲渡所得税が発生する可能性があります。

つまり、取得時と売却時では関係する税金が異なります。

取得方法	取得時に関係する税金	売却時に関係する税金
購入	－	譲渡所得税
相続	相続税	譲渡所得税
贈与	贈与税	譲渡所得税

このように、取得方法によって適用できる特例や必要な手続きが変わるため、事前に確認しておくことが大切です。

共有持分を売却したら確定申告が必要かどうか

共有持分を売却して譲渡所得が発生した場合は、原則として確定申告が必要です。

また、税額が0円になるケースでも、3,000万円特別控除などの特例を利用する場合は申告が必要になるため、「税金がかからないから申告しなくてもよい」と判断しないよう注意しましょう。

ここでは、確定申告が必要なケースや手続きの流れを解説します。

 

◼︎利益が出た場合は原則として確定申告を行う

共有持分を売却し、譲渡所得が発生した場合は、会社員・個人事業主を問わず確定申告を行う必要があります。申告時期は、売却した翌年の2月16日から3月15日までが原則です。

譲渡所得は給与所得とは別に計算されるため、会社員で年末調整を受けている方でも、別途確定申告をしなければなりません。

 

◼︎特例を利用する場合も申告が必要

「3,000万円特別控除」や「取得費加算の特例」などを利用する場合は、税額が0円になったとしても確定申告が必要です。特例は自動的に適用される制度ではありません。必要書類を添付して申告することで初めて適用されるため、期限内に忘れず手続きを行いましょう。

 

◼︎確定申告で必要になる主な書類

売却後は、契約書や領収書などさまざまな書類が必要になります。事前に準備しておくことで、スムーズに申告を進められます。

必要書類	用途
確定申告書	譲渡所得を申告するための書類
譲渡所得の内訳書	譲渡所得の計算内容を記載
売買契約書（購入時・売却時）	取得費・売却価格を証明するため
仲介手数料などの領収書	譲渡費用を証明するため
登記事項証明書	必要に応じて提出
本人確認書類	マイナンバーカードなど

取得費や譲渡費用を証明できる書類が不足すると、本来認められる費用を計上できない可能性があります。売却前から書類を整理しておくことをおすすめします。

共有持分売却で税金を抑えるポイント

共有持分の売却では、制度を正しく活用し、売却方法を工夫することで税負担を軽減できる可能性があります。ここでは、売却前に確認しておきたいポイントを紹介します。

 

◼︎取得費が分かる資料をできるだけ集める
取得費が不明な場合は概算取得費（売却価格の5％）を利用できますが、実際の取得費より低くなるケースが多く、譲渡所得が大きくなりやすくなります。購入時の売買契約書や仲介手数料の領収書などが残っていれば、実際の取得費として計上できる可能性があります。

古い書類でも税額に影響することがあるため、一度探してみることをおすすめします。

 

◼︎売却にかかった費用は漏れなく記録する
仲介手数料や測量費など、譲渡費用として認められる支出は譲渡所得から差し引くことができます。「金額が小さいから」と考えず、売却に関係する支出の領収書はまとめて保管しておきましょう。

 

◼︎利用できる特例を事前に確認する
マイホームを売却する場合は3,000万円特別控除、相続した不動産では取得費加算の特例など、利用できる制度がないか確認することも重要です。売却後では適用できないケースもあるため、売却を決めた段階で確認しておくと安心です。

 

◼︎売却方法も税金とあわせて検討する
共有持分は、

など、複数の方法があります。

それぞれ売却しやすさや価格、共有者との調整のしやすさが異なるため、税金だけでなく、売却方法も含めて検討することが大切です。特に共有者との意見がまとまらない場合は、共有持分の売却を多く扱う不動産会社へ相談することで、状況に応じた提案を受けられるでしょう。

共有持分売却の税金に関するよくある質問

Q. 共有持分だけを売却しても税金はかかりますか？
はい。共有持分のみを売却した場合でも、譲渡所得（利益）が発生すれば譲渡所得税などが課税されます。一方、利益が出なければ譲渡所得税は原則として発生しません。

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Q. 赤字で売却した場合も確定申告は必要ですか？
譲渡所得が発生していない場合は、原則として確定申告が不要となるケースがあります。ただし、特例の適用や損益通算などを行う場合は申告が必要になることがあるため、事前に確認しましょう。

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Q. 共有名義の不動産を売却した場合、税金は共有者全員で支払いますか？
いいえ。税金は共有者全員でまとめて支払うものではなく、それぞれの共有者が自分の持分割合や取得費、譲渡所得に応じて計算・納税します。そのため、同じ不動産を売却しても、共有者ごとに税額が異なることがあります。

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Q. 相続した共有持分でも3,000万円特別控除は利用できますか？
相続したという理由だけで利用できるわけではありません。居住用財産であることなど、制度ごとの要件を満たしている必要があります。また、相続した不動産では「取得費加算の特例」など、別の制度が利用できる場合もあります。

まとめ｜共有持分の売却は税金の仕組みを理解して進めることが大切

 

共有持分を売却すると、譲渡所得が発生した場合は所得税・住民税などの譲渡所得税が課税されます。ただし、実際の税額は売却価格だけで決まるものではなく、取得費や譲渡費用、所有期間によって大きく変わります。

また、マイホームであれば3,000万円特別控除、相続した不動産であれば取得費加算の特例など、利用できる制度によって税負担を軽減できるケースもあります。これらの特例は要件を満たすだけでなく、確定申告を行うことではじめて適用されるため、売却前に確認しておくことが重要です。

さらに、共有持分の売却では税金だけでなく、共有者との調整や売却方法の選択も重要なポイントになります。状況によっては、共有持分のみを売却した方がよいケースもあれば、不動産全体を売却した方が有利になるケースもあります。

東京財託では、共有持分や共有名義不動産の売却に関するご相談を承っています。税金や手続きも踏まえながら、お客様の状況に応じた売却方法をご提案いたしますので、共有持分の売却をご検討の際はお気軽にご相談ください。

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